《青莲记》讲述了明末清初乱世中，秦淮名妓董小宛与才子冒辟疆的一段凄美情缘，董小宛以才貌双绝闻名，与冒辟疆一见倾心，历经战乱波折，终从风尘走入冒家，成为其侧室，她温婉贤淑，不仅悉心照料冒辟疆起居，更以笔墨丹青相伴，于颠沛流离中守护这份情意，然而乱世无情，董小宛在贫病交加中早逝，留下“青莲”般的纯净与遗憾，成为后世传唱的乱世绝唱。
秦淮烟雨初相遇
明末的秦淮河,是金陵城最温柔也最薄情的所在，画舫凌波，笙歌不断，朱栏画栋间藏着无数才子佳人的悲欢离合，而在这片烟雨中，董小宛如一株沾着晨露的白莲，在风尘里开出了惊心动魄的干净。
她本名董白,字青莲，出身苏州半塘，后迁居秦淮，十岁时母亲病逝，父亲不善经营，家道中落，她不得不随养母居秦淮河畔，以歌伎身份谋生，可她与其他歌伎不同：不施浓妆，素衣布裙，眉宇间总带着一丝挥之不去的清寂，她擅书画，尤工兰草，一笔一墨皆有风骨；通音律，琵琶声里能听出江南的细雨与远山的薄雾；更有一手好厨艺，以“董菜”闻名，醉蟹”一菜，蟹肉鲜甜，酒香醇厚，连文人雅士都赞不绝口。
崇祯十二年,冒辟疆——这位复社名士，在友人的邀约下来到秦淮河，彼时他已名满江南，却厌倦了风月场的虚浮，只想寻一个能“清言竟日”的知己，当他在媚香楼见到董小宛时，她正低头画兰，素手执笔，墨香混着窗外的桂花香，轻轻撞进他的心里，后来冒辟疆在《影梅庵忆语》中写道：“姬云：‘妾于郎君，初未敢深信，然蒙不弃，侍巾栉已有岁余，君之心事，妾已尽知。’”那一刻，他知道，这个女子，是他命定的救赎。
水绘园中岁月长
两人的情缘并非一帆风顺,董小宛身陷风尘，赎身之路坎坷：先是被势豪强夺，几经辗转才得脱身；冒辟疆家中亦有阻力，认为歌伎出身难登大雅之堂，可情之所钟，生死可许，崇祯十五年，董小宛终于以“侧室”身份嫁入冒家，住进了如皋的水绘园。
水绘园是冒辟疆的祖父所建,亭台楼阁，曲水回廊，四季皆景，董小宛的到来，让这座园子更添了几分灵气，她不似寻常妻妾，不争宠、不妒忌，只与冒辟疆“相对忘言，如对古人”，她为他整理诗稿，字迹娟秀，堪比钟王；陪他品茗论画，能辨出沈周与文徵明的笔墨差异；冬日里，她早早备好手炉，为他暖手；夏日时，她坐在窗前刺绣，纱帘轻卷，连阳光都变得温柔。
冒辟疆最爱她煮的茶,她用松针上的雪水，烹着武夷山的春茶，茶香袅袅中，听他讲复社的抱负，讲朝堂的风云，她不懂朝堂险恶，却能懂他眉间的忧思，有时她突然放下茶盏，拿起琵琶，弹一曲《梅花三弄》，琴声里的清冷与坚韧，恰如她的人——虽历经风霜，却从未折腰。
乱世烽烟见真情
好景不长,崇祯十七年，李自成攻入北京，崇祯自缢煤山，明朝覆灭，江南一片混乱，冒家亦遭逢大难，家产被洗劫，冒辟疆被迫流亡，董小宛带着仆人，冒死藏匿冒家的古籍字画，又典当自己的首饰，换得粮食，在饥荒中支撑着一家老小。
那段日子,她瘦得脱了形，却始终对冒辟疆笑着说：“只要郎君平安，妾便心安。”有次冒辟疆染病，她衣不解带地照顾了七日七夜，亲自煎药、喂药，甚至用嘴尝药温，直到冒辟疆退烧，她才累得倒在床边，手里还攥着未织完的毛衣。
清军南下后,冒家更如惊弓之鸟，董小宛随冒辟疆四处奔波，